Hundratals hus har svepts bort med vattenmassorna. Ett hundratal personer saknas, enligt Theo Ngwabije, guvernör i Södra Kivu.
– Eftersökningarna fortsätter i bråten, säger en person som jobbar för räddningstjänsten.
Rapporterna om antalet döda varierar.
Det dödliga skyfallet inträffar några dagar efter att över 100 personer miste livet i översvämningar i grannlandet Rwanda, som ligger väster om Kivu-sjön.