WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyesus kallar rapporten för "hemsk läsning".
– Det första jag vill säga till offren och överlevare är att jag ber om ursäkt. Min högsta prioritet är att ställa de skyldiga inför rätta och se till att de inte går fria, säger han.
I intervjuer med kommissionen som genomförde den oberoende utredningen vittnade dussintals kvinnor om våldtäkter och erbjudanden om arbete i utbyte mot sex. Övergreppen ska ha utförts av lokalt anlitad personal och personer i internationella arbetslag.
I den 35 sidor långa utredningen nämns "tydliga strukturella brister" och "individuell försumlighet".
– Som ledare för WHO ber vi om ursäkt till de här människorna, till kvinnorna och flickorna, säger organisationens Afrikachef Matshidiso Moeti.
Kommissionen tillsattes efter att fler än 50 kvinnor anklagat biståndsarbetare från WHO och andra biståndsorganisationer för övergrepp i samband med en separat utredning i fjol. Enligt kommissionen var 21 av de 83 misstänkta gärningsmännen anställda av WHO.