Tillsättningarna har ökat spänningarna med landets serbiska minoritet och ledde bland annat till att 30 soldater ur den Natoledda internationella fredsstyrkan Kfor skadades i sammandrabbningar med etniska serber i staden Zvecan.
USA:s ambassadör i Pristina, Jeffrey Hovenier, säger att Kosovo utesluts från övningen Defender 23 där ett 20-tal länder deltar och som pågår juni ut.
– Övningen är över för Kosovos del, säger Hovenier till lokala medier.
Ambassadör Hovenier hotade också med att dra tillbaka USA:s diplomatiska stöd och att sluta att förespråka ett internationellt erkännande av Kosovo.
USA ledde Natoinsatsen som tvingade ut serbiska styrkor från Kosovo 1999 och har sedan dess stöttat territoriet med albanska majoritet och dess självständighetsförklaring från 2008 som Serbien bestämt avvisar.
Även USA:s utrikesminister Antony Blinken riktar nu kritik mot Kosovos premiärminister Albin Kurti för hans beslut att tillsätta de etniskt albanska borgmästarna eftersom det "kraftfullt och helt i onödan ökat spänningarna".
Blinken uppmanade alla inblandade parter att omedelbart vidta åtgärder för att minska spänningarna och fördömde samtidigt våldet mot den fredsbevarande styrkan.