Flera vagnar av persontåget ska ha spårat ur efter kollisionen.
Olyckan inträffade vid 21.30 nära staden Novska, inte långt från gränsen till Bosnien.
Public service-bolaget HRT uppger att minst tre personer har omkommit och elva har skadats. Ingen av de elva som fördes till sjukhus har livshotande skador. Åtta av dem ska vara utländska medborgare.
Premiärministern Andrej Plenkovic tog sig till platsen, och varnade för att fler offer kan komma att hittas.
– Vi reserverar oss för att det kan finnas fler skadade eftersom vissa delar av tåget ligger långt borta utanför spåret, säger han enligt HRT.