Sjukdomen smittar från djur till människa och kan bli dödlig utan behandling. Alla tänkbara åtgärder har därför vidtagits för att hindra smittspridning, enligt departementet.
– Fallet är under fullständig kontroll och det finns inga skäl till panik, säger Inoslav Brkić på de lokala myndigheterna.
Drygt hundra nötdjur har dött inom två veckor och myndigheterna fattade beslut om provtagning av kadavren efter rapporter om att djuren ska ha visat neurologiska symtom.
Fyra människor vårdas även för hudsymtom, rapporterar den statliga tv-kanalen HRT.
Utbrottet har skett i Lonjsko Polje, ett 500 kvadratkilometer stort område bestående av skyddad våtmark sydost om huvudstaden Zagreb. I området strövar hästar, nötkreatur och grisar fritt och det är känt för sitt fågelliv och rikedom på fisk. Området är populärt bland vandrare.
Mjältbrand orsakas av en sporbildande bakterie som kan ligga inaktiv i marken länge.