Det har fått den ansvariga domaren Tarek Bitar att utfärda en arresteringsorder.
Khalil, medlem av shiarörelsen Amal och allierad med mäktiga Hizbollah, har inte kommenterat saken.
Utredningen av förra årets dödlig explosion går trögt, på grund av kampanjen mot Bitar och motstånd från inflytelserika libanesiska fraktioner.
Bitar tänkte hålla utfrågningar med två andra ex-ministrar den här veckan. Men de ställs in på grund av ett överklagande, uppger en källa inom rättsväsendet.
I måndags gick Hizbollah-ledaren Nasrallah ut i tv för att kritisera Bitar för att vara politiserad och partisk. Tidigare finns uppgifter om att en högt uppsatt Hizbollah-medlem ska ha varnat Bitar att rörelsen tänkte plocka bort honom från fallet.