Enligt lokala medier ska en 16-årig flicka som deltog i ett av organisationens program ha blivit våldtagen av flera anställda, bland dem organisationens landschef i Liberia.
"Vi beklagar djupt att vi inte kunde skydda offret. Vi är fast beslutna att hålla dem som är skyldiga till övergreppen ansvariga, oavsett position i organisationen", säger man i ett uttalande.
Organisationen betonar att polisen kontaktades direkt när övergreppen uppdagades i november 2021.
Offret är tillbaka hos sin biologiska familj, säger SOS Barnbyar.
SOS Barnbyar bildades för att hjälpa föräldralösa och behövande barn.
Förra året meddelade organisationen att man utreder fall av våld, särskilt sexuellt våld, och bedrägerier som begåtts från 1990-talet och framåt i ett 20-tal av dess verksamheter i Afrika och Asien.