Kropparna är oidentifierade. DNA-prover har tagits, uppger myndigheter.
IS intog den forne diktatorn Muammar Gaddafis hemstad Sirte 2015. Terroristerna drevs med amerikanskt flygunderstöd bort därifrån av lokala styrkor 2016.
Massgravar har tidigare hittats i och i närheten av staden Sirte 2017 och 2018.