Händelsen inträffade på fredagen.
– Skottlossning bröt ut och sex migranter dödades. De sköts av vakter, säger FN-organets Libyenchef Federico Soda.
– Vi vet inte vad som utlöste händelsen i dag (fredag), men den har koppling till överbeläggning och den fruktansvärda, väldigt spända situationen, fortsätter han.
Ytterligare minst 20 personer ska ha skadats, och ett stort antal har lämnat anläggningen i kaoset som uppstod. Enligt inrikesdepartementet i Tripoli kan så många som 2 000 personer ha flytt.