Litauens regering ser det som ännu en kinesisk straffåtgärd till följd av att Litauen låter Taiwan ha en fast representation i huvudstaden Vilnius.
– Vi beklagar de kinesiska myndigheternas beslut, säger EU-landets president Gitanas Nauseda inför ett pressuppbåd.
Styret i Peking betraktar Taiwan som en utbrytarprovins och slår vakt om att inga andra länder ska ha diplomatiska band till ön. Efter beskedet om representation i Vilnius slutade Kina utfärda visum i Litauen, samtidigt som man nedgraderade de officiella relationerna med landet.
Ledaren för Litauens största näringslivsorganisation beskriver det som att Litauen nu helt verkar ha strukits ur det kinesiska tullsystemet.
Litauen kommer under nästa vecka att söka stöd hos EU-kommissionen, meddelar landets utrikesdepartement.
Stefano Sannino, toppdiplomat vid EU:s utrikestjänst, beskriver Kinas agerande som "extremt oroande och oacceptabelt".