Landet, som är en stark kritiker till Rysslands anfallskrig i Ukraina, har beslutat att ta bort monumentet i solidaritet med Kiev.
Monumentet består av sex skulpturer av sovjetiska soldater, och har också utgjort en smärtsam påminnelse om tiden då Litauen var ockuperat av Sovjetunionen. Litauen blev självständigt 1991.
– Det här är en bra dag, en lycklig stund, säger Vilnius borgmästare Remigijus Simasius.
Skulpturerna väntas vara helt nedmonterade tidigt nästa vecka.
FN uppmanade Litauen i september att vänta med att ta ned monumentet tills man löst en konflikt mellan regeringen och dem som kritiserat avlägsnandet.
Borgmästaren Remigijus Simasius svarar på kritiken genom att säga att nedmonteringen görs "respektfullt".
– Förenta nationerna är inte en institution som har makten att säga till Litauen eller Vilnius om en totalitär symbol måste vara kvar, säger han.