49-åringen fick nära 59 procent av rösterna i första omgången av presidentvalet, rapporterar landets myndigheter.
Rajoelina har haft makten sedan 2018 och har kritiserats av oppositionen för att inte tillåta ett öppet val. Tio av tolv oppositionskandidater har uppmanat till en bojkott av valet och deltagandet var av allt att döma lågt.
Rajoelina satt även vid makten 2009–2014.