Minst 17 personer har omkommit och ytterligare tiotals saknas.
45 personer har räddats ur vattnet, enligt den madagaskiska tullmyndighetens chef Jean Edmond Randrianantenaina.
Fraktfartyget uppges ha avseglat från staden Antanambe i nordöstra Madagaskar på måndagsmorgonen och varit på väg till hamnstaden Soanierana Ivongo, en kort sträcka söderut längs kusten. Som ett registrerat fraktfartyg hade det inte tillstånd att ta med sig passagerare.
Under resan tycks det ha uppstått ett tekniskt haveri, varpå fartyget drev omkring tills det stötte i ett grund. Enligt myndigheternas preliminära information började motorrummet först att fyllas med vatten.
En sök- och räddningsinsats pågår efter de 68 personer som ännu saknas.