Händelsen inträffade på måndagsmorgonen i landets södra distrikt Nsanje.
I båten färdades 37 personer. Efter att flodhästen attackerat började båten så småningom kapsejsa.
Enligt polisen lyckades lokalbefolkningen rädda 13 personer ur vattnet, men på tisdagen saknas fortfarande 23 personer. En livlös kropp av en ettåring drogs även upp ur vattnet.
Eftersökningarna efter de saknade pågår fortfarande, enligt polisen.
Shire är Malawis största flod. Båtolyckor är vanliga i landet, där bristen på reguljär vattentransport tvingar många att korsa sjöar och floder i ofta risiga båtar.
I april dog minst fem personer efter att en överfull båt kapsejsade i ett av Malawis centrala distrikt.