Det tros röra sig om etiopiska migranter, enligt polisen.
– Graven hittades sent i tisdags men vi spärrade av och började bärga kropparna i dag, säger polisens talesperson Peter Kalaya till AFP på onsdagen.
Polisen larmades till Mzimbaområdet i den norra delen av landet av bybor som var ute och samlade vildhonung i en skog.
– Vi misstänker att det är illegala migranter som transporterades till Sydafrika via Malawi, säger Kalaya.
Det rör sig enligt polisen om män mellan 25 och 40 år. Kvarlevorna har förts till bårhus för obduktion och uppskattas ha begravts för omkring en månad sedan.
Malawi är en populär rutt för människosmugglare. Polisen stoppar ofta lastbilar som kommer via Moçambique på väg till Sydafrika. Mellan januari och september har myndigheterna omhändertagit 221 migranter, merparten från Etiopien, den vägen.
För två år sedan hittades 64 döda människor i en containerlastbil i Moçambique.