Det är det första fallet i Afrika på mer än fem år, säger Världshälsoorganisationen (WHO).
Malawiska hälsomyndigheter uppger att smittan tillhör en variant som kopplas till Pakistan, där det fortfarande förekommer endemisk spridning av sjukdomen.
"Som ett importerat fall från Pakistan påverkar denna upptäckt inte den afrikanska regionens poliofria status", säger WHO.
Afrika förklarades fritt från polio i augusti 2020 efter det att inga nya fall hade konstaterats där sedan 2016.
"Efter upptäckten av polio i Malawi, vidtar vi brådskande åtgärder för att förhindra dess potentiella spridning", säger WHO:s Afrikachef Matshidiso Moeti, i ett uttalande.
Sjukdomen har legat bakom otaliga fall av död, förlamning och livslånga funktionsnedsättningar, framför allt i fattigare länder. Men tack vare omfattande vaccinationsprogram är polio i dag förpassat till historieböckerna i de flesta av världens länder. Viruset beräknas endast spridas endemiskt i Afghanistan och Pakistan.