Sedan fredag har kraftigt regn fått floder att svämma över och flera stadsområden är lagda under vatten.
Fler än 13 000 av de evakuerade befann sig i den centrala delstaten Pahang och 10 000 flydde hemmen i landets rikaste delstat Selangor, som omger huvudstaden Kuala Lumpur.
Malaysia brukar drabbas av översvämningar under monsunsäsongen. Men premiärministern Ismail Sabri uttryckte ändå sin förvåning över de stora översvämningarna på en presskonferens.
– Det regn som föll på en dag skulle vanligtvis falla på en månad, sade han.
Premiärministern lovade också snabb hjälp till översvämningsoffren, och 100 miljoner ringgit (ungefär 216 miljoner kronor) för att reparera skadade hus och infrastruktur.
Malaysias värsta översvämning på decennier ägde rum 2014 och tvingade omkring 118 000 människor att fly.