Efter att ha varit i kontakt med en person som konstaterats smittad med covid-19 tvingades den nya ledaren skippa måndagens begivenhet till förmån för en tillvaro i isolering, uppger hans stab.
Även tisdagens nationaldagsfirande missar premiärministern. Han väntas dock delta i digital form.
Ismail Sabri Yaakob är Malaysias tredje premiärminister på mindre än fyra år. Han kom till makten efter månader av politisk kris som kulminerade med företrädaren Muhyiddin Yassins avgång den 16 augusti. När Yaakob svors in sträckte han ut en hand till landets oppositionspolitiker och uttryckte hopp om att enas i kampen mot covid-19.
Den nya malaysiska regeringen består dock till stora delar av ministrar från den föregående regeringen, som länge fått utstå hård kritik för sin hantering av viruset. Yassin förlorade sin majoritet i parlamentet till stora delar på grund av folkets ilska över pandemihanteringen.
Malaysia har drabbats hårt av covid-19, inte minst av den mer smittsamma deltavarianten av viruset. De senaste veckorna har runt 20 000 nya fall rapporterats dagligen i landet.