Videon påstås vara blasfemisk, med nedlåtande kommentarer och hån mot muslimer, Koranen och profeten Muhammed, skriver AFP.
Sex personer greps på torsdagen, misstänkta för inblandning i spridningen av videon enligt åklagarmyndigheten i Bamako.
Uppmaning till protest kom från ett islamiskt råd enligt polisen. Tusentals personer samlades i protesten i huvudstaden. Organisatörerna bakom protesten hävdade att en miljon människor samlats i protest mot distributionen av videon.