En av de två attackerna genomfördes mot en båt på floden Niger nära staden Timbuktu, enligt militärjuntans uppgifter. Den andra attacken kom mot en militärbas i Bamba, längre nedströms i regionen Gao. Enligt uttalandet har en islamistisk extrem organisation – JNIM som har kopplingar till terrorrörelsen al-Qaida – tagit på sig ansvaret för dåden.
Det maliska militärstyret uppger att dess styrkor, som svar på attackerna, dödat ett 50-tal angripare.
Båten trafikerade en rutt mellan städer längs Niger och ska ha attackerats av "minst tre raketer" som riktats mot motorerna, enligt rederiet. Floden är en viktig transportväg i området, där väginfrastrukturen är dålig och det inte finns järnväg.
Tre dagars nationell sorg för att hedra de döda inleds under fredagen.
FN:s säkerhetsråd röstade i juni i år igenom en resolution om att avveckla det tio år långa fredsbevarande uppdraget Minusma i Mali.
FN:s fredsinsatser i Mali startade 2013 för att förhindra ett jihadistiskt maktövertagande i landet. Men Malis relation till FN har försämrats kraftigt sedan 2020 då en militärjunta tog över makten via en kupp. Efter det har Mali vänt sig allt mer mot Ryssland och de ryska Wagnerstyrkorna har anlitats av regimen för att bekämpa islamistisk extremism.