Det ovanliga mötet skedde inför USA:s president Joe Bidens kommande besök i regionen.
Samtalet hölls i "positiv anda", enligt ett uttalande från Gantz kontor. Parterna diskuterade regionala "utmaningar" och var överens om att fortsätta samarbetet för att "undvika aktiviteter som kan medföra instabilitet".
Abbas betonade vikten av att bygga en "politisk horisont" mellan israeler och palestinier samt behovet av att skapa en "positiv atmosfär" inför Biden-besöket, enligt den palestinska nyhetsbyrån Wafa.
Gantz och Abbas sågs senast i Israel i december, vilket väckte debatt inom den israeliska politiken.
Joe Biden besöker Israel och Västbanken mellan 13 och 15 juli. Han kommer att träffa Israels premiärminister Yair Lapid och Mahmud Abbas för att sedan åka vidare till Saudiarabien.
För Biden blir det den första resan i Mellanöstern som president.