Efter ett möte på tisdagen med den palestinske ledaren Mahmud Abbas i Ramallah på Västbanken uttryckte Blinken kondoleanser och sorg för palestinska dödsoffer.
Israel har i vissa fall medgett att styrkor av misstag har dödat icke-stridande under räder mot militanta palestinier som kopplats till dödliga attacker mot civila israeler.
Sedan årsskiftet har konflikten krävt 35 palestiniers liv, barn och vuxna. I siffran ingår angripare, militanta och civila. I Israel dödades sju civila, varav ett barn, i fredagens attack mot en synagoga i östra Jerusalem.
Blinken varnar israeliska och palestinska ledare för att vidta åtgärder som försvårar en tvåstatslösning av den långvariga konflikten. Med riktning till Israels nya högerregering, som innehåller extrema nationalister, säger amerikanen att det inkluderar expansion av bosättningar, skadegörelse och vräkningar.
Israels premiärminister Benjamin Netanyahu är en stark anhängare av att utvidga judiska bosättare på Västbanken, trots att det strider mot internationell rätt.
Förra året var det dödligaste på den ockuperade Västbanken sedan FN 2005 började registrera dödstalen.
Under sin resa i Mellanöstern har Blinken de senaste dagarna också besökt Kairo och Jerusalem.