Mötet har sammanfallit med att flera av EU-ländernas ministrar – däribland svenske Tobias Billström (M) – varit på plats i Oman för ett sedan länge inplanerat möte med sina kollegor i GCC, ett samarbetsråd för länderna vid Persiska viken.
Ministrarna uppmanar Israel att inte stoppa "vatten, mat och elektricitet" från att nå Gaza och de vill att humanitära korridorer öppnas för dem som försöker fly därifrån.
Borrell säger också att en "överväldigande majoritet" av ministrarna är emot ett stopp av biståndet till Palestinska myndigheten.
Efter lördagens brutala attack mot Israel av terrorstämplade Hamas beordrade Israels försvarsminister Yoav Gallant på måndagsförmiddagen "fullständig belägring" av Gazaremsan, där Hamas styr.
De europeiska ministrarna betonade att behovet av "respekt för internationell rätt, humanitär rätt" innebär att vatten, mat eller elektricitet inte blockeras för civilbefolkningen i Gaza, framhöll Borrell på en presskonferens i huvudstaden Muskat efter mötet.
– Israel har rätt att försvara sig men det måste göras i enlighet med internationell lag, humanitär rätt, och vissa beslut som fattats strider mot denna internationella lag, fortsatte Borrell.
– Alla palestinier är inte terrorister, betonade EU:s utrikeschef.