Den israeliska polisen ingrep när en grupp palestinier vid al-Aqsamoskén på berget kastade sten och sköt fyrverkerier ned mot Klagomuren, som är en av judendomens heligaste platser.
Vittnen såg hur polis sköt gummikulor och använde tårgas. Våldsamheterna lugnade ned sig i tid för morgonbönen i moskén.
Enligt palestinska Röda halvmånen skadades ett 40-tal personer, varav hälften fördes till sjukhus. Ingen skadades allvarligt.
Två personer greps för stenkastning och respektive uppvigling.
Påsk och ramadan
De senaste veckorna har varit spända i området. Den muslimska fastemånaden ramadan och den judiska påsken pesach högtidlighålls samtidigt.
Omkring 300 palestinier har skadats under de senaste veckornas drabbningar.
Tidigare i veckan samlades omkring 250 000 muslimer på och kring Tempelberget för bön nattetid, för att högtidlighålla ramadans höjdpunkt laylat al-qadr. Då skedde inga våldsamheter.
Spänt vid Gazagräns
För ett år sedan urartade motsättningarna i ett elva dagar långt krig mellan Israel och väpnade palestinska grupper på Gazaremsan.
Israel gör gällande att sådana grupper, som Hamas och Islamiska jihad, är verksamma även i och runt Jerusalem och att man därför måste ingripa. Den israeliske utrikesministern Yair Lapid har understrukit att Israel vill upprätthålla det status quo som enligt avtal ska råda i området, vilket bland annat innebär att endast muslimer får be där.
