Hundratals palestinier kastade sten mot soldaterna efter begravningen av en tolvårig pojke som dödats av militären dagen innan. Begravningen ägde rum nära staden Hebron. En 20-årig man skottskadades och avled senare på sjukhus. Enligt palestinska hälsomyndigheter skadades ytterligare tolv personer vid torsdagens sammandrabbning.
Den israeliska militären säger att soldaterna bemötte oroligheterna genom att bland annat avlossa skarpa skott i luften.
Den tolvårige pojken sköts enligt det palestinska hälsodepartementet i onsdags när han färdades i en bil tillsammans med sin pappa i staden Beit Ummar, nära Hebron. Han ska ha träffats i bröstet och avlidit på sjukhus några timmar senare.
Enligt den israeliska militären sköt en soldat mot bilens däck efter misstankar om att den varit inblandad i misstänkta aktiviteter tidigare under dagen. Händelsen utreds av högre befäl.
Området har varit skådeplats för sammandrabbningar mellan demonstranter och israeliska styrkor i flera veckor.