I ett uttalande säger Frankrike, Norge, Estland, Irland och Albanien – som från januari ingår i säkerhetsrådet – att stämplingen kommer att få vidsträckta politiska, juridiska och finansiella konsekvenser för organisationerna. Länderna uppger att de mycket noga ska gå igenom den information som Israel har försett FN med som grund för terrorstämplingen.
Den information de hittills har fått ska enligt uppgift inte innehålla några konkreta bevis för att organisationerna har samröre med den militanta rörelsen PFLP, som är terrorstämplad av USA och EU.
De europeiska ländernas uttalande kommer två veckor efter det att FN:s högkommissarie för mänskliga rättigheter (OHCHR) kritiserat beslutet.
"Det här är ett frontalangrepp på den palestinska människorättsrörelsen och på mänskliga rättigheter överallt", skrev OHCHR i oktober.
De berörda organisationerna arbetar bland annat med att dokumentera övergrepp mot mänskliga rättigheter av både Israel och den palestinska myndigheten.
Organisationerna är Al-Haq, rättighetsgruppen Addameer, kvinnoorganisationen UPWC, barnrättsorganisationen DCIP, lantbruksorganisationen UAWC samt Bisan Center som verkar för att främja det palestinska civilsamhället.
"Ett blomstrande civilsamhälle och respekt för fundamentala friheter är hörnstenar i öppna demokratier", skriver Estlands FN-ambassadör Sven Jürgenson i ett uttalande.
Länderna uppmanar även Israel att avbryta byggandet av nya bosättningar i Västbanken och östra Jerusalem, där bostäder för 4 300 israeliska bosättare förbereds.