Enligt ett uttalande från Netanyahus kansli har anhöriga gisslan som frigivits under tisdagen informerats om att personerna nu är på israelisk mark, rapporterar BBC.
Av de tolv som frigivits uppges tio vara israeler och två thailändare, enligt kansliet.
Enligt nyhetsbyrån AFP lämnades gisslan över av terrorstämplade Hamas och Islamiska Jihad.
Israels fängelsemyndighet uppger att 30 palestinska fångar har frigivits som en del av uppgörelsen om vapenvilan. Tidigare rapporterades att det bland dem skulle vara 15 minderåriga och 15 kvinnor, enligt flera medier.
Pausen i striderna mellan Israel och Hamas inleddes i fredags, och beskedet om att den tillfälliga vapenvilan förlängs kom i måndags.
Enligt den initiala överenskommelsen om vapenvilan skulle minst 50 personer som hålls gisslan av terrorstämplade Hamas friges under fyra dagar i utbyte mot 150 palestinier som suttit i israeliska fängelser.
Dessutom ingick i överenskommelsen att eldupphöret kunde förlängas för att frige fler gisslan, ytterligare tio varje dag.