Minst fyra palestinier ska ha träffats av israelisk eld och avlidit, uppger den palestinska hälsomyndigheten.
Enligt Israel syftar söndagens räder till att avväpna en cell inom det den militanta Hamasrörelsen. Amnon Scheffler, talesperson för Israels armé, bekräftar för nyhetsbyrån AFP att fyra personer dödats och beskriver dem som "Hamas-stridande".
Israels premiärminister Naftali Bennett säger i ett uttalande till Reuters att israeliska styrkor genomför ett operation mot "Hamas-terrorister" som stod i begrepp att utföra terrorattacker.
Även Hamas bekräftar sammandrabbningarna, utan att gå in på antalet skadade eller döda.
Hamas styr palestinska Gazaremsan. Dess militära gren är terrorstämplad av bland annat USA och EU.