Guteress pekade särskilt på att över 100 civila skadats och ytterligare tusentals människor tvingats fly efter attackerna mot flyktinglägret i Jenin.
Han kritiserade också Israel för att ha förhindrat sårade från att få vård och biståndsarbetare från att nå fram till dem som behövt hjälp.
– Jag fördömer kraftigt alla former av våld mot civila, inklusive terrorhandlingar, sade Guterres till ett pressuppbåd på torsdagen.
På en fråga om fördömandet även gäller Israel svarade han:
– Det inbegriper alla former av övervåld och uppenbarligen använde sig israeliska styrkor av övervåld i den här situationen.
FN-basen manade än en gång Israel till att "hålla sig till sina förpliktelser i enlighet med internationell lagstiftning" och agera återhållsamt och proportionerligt i sin våldsutövning.
Minst 14 personer, varav 13 palestinier och en israelisk soldat, dödades under Israels två dagar långa räd som inleddes tidigt i måndags.
Militären har tidigare uppgett att man beslagtagit vapen och sprängämnen och förstört tunnlar och kommandoposteringar under räden. Enligt israeliska medier har minst 120 misstänkta militanta palestinier gripits i samma veva.