Palestinska ungdomar har under fredagsmorgonen kastat sten mot polisen, som gick in med full kravallutrustning i det heliga området, som judar kallar Tempelberget och muslimer al-Haram al-Sharif.
Våldet avtog när en annan grupp palestinier kommit för att städa området inför fredagsbönen, då tusentals muslimer kom för att be i moskén. Efter fredagsbönen utbröt nya oroligheter.
Enligt palestinska Röda halvmånen har sammanlagt ett 60-tal palestinier skadats, 14 av dem har tagits till sjukhus och två beskrivs som allvarligt skadade. En israelisk polis har skadats när en sten träffade hennes ansikte, enligt polisen.
Den senaste veckan har över 200 personer, främst palestinier, skadats vid sammandrabbningar i och runt al-Aqsa-moskén.
Israel har försökt lugna ned det uppskruvade läget genom att tillfälligt hindra judar från att be i området, som är den tredje heligaste platsen enligt den muslimska tron.
Men Tempelberget utgör också judendomens heligaste plats, och området blir ofta föremål för konflikt.
FN:s människorättsorgan OHCHR har uttryckt oro över situationen och kräver en utredning om den israeliska polisens agerande.
– Vi är djupt oroade över det tilltagande våldet den senaste månaden säger OHCHR-chefen Ravina Shamdasani.