Stora skador har tillfogats militanta grupper i flyktinglägret i Jenin i insatsen som bland annat omfattade en rad flyganfall och hundratals soldater på marken. Tillbakadragandet av israeliska soldater började sent på tisdagen, men sporadiska strider ska ha fortsatt i delar av lägret, vilket försenade återtåget, enligt uppgifterna.
Strax efter midnatt meddelade boende i lägret att militären hade lämnat området och att människor börjat gå ut igen. Inledningsvis fanns ingen bekräftelse från militären.
Israels två dagar långa räd har krävt minst 14 liv, varav 13 palestinier och en israelisk soldat. Över 100 människor har skadats.
Uppgifter: Anläggning träffad
Vid fyratiden på onsdagsmorgonen meddelade Israels militär att man attackerat mål i Gaza som ett svar på fem raketer som tidigare på natten avfyrades därifrån mot Israel. De fem raketerna ska enligt militären ha stoppats av landets luftvärn. Ingen palestinsk grupp har ännu tagit på sig beskjutningen.
Palestinska säkerhetskällor uppgav att en militäranläggning i norra Gaza tillhörande Hamas hade träffats, men att ingen skadats.
Minst 14 döda
Israels premiärminister Benjamin Netanyahu sade att räden i Jenin inte var en engångshändelse.
– Vi kommer att fortsätta så länge det behövs för att stoppa terrorismen, sade Netanyahu vid ett besök i utkanten av Jenin på tisdagen.
Militären säger sig under räden ha beslagtagit vapen och sprängämnen och förstört tunnlar och kommandoposteringar. Enligt israeliska medier har minst 120 misstänkta militanta palestinier gripits sedan räden inleddes tidigt på måndagen.
Runt 4 000 palestinier har flytt från det stora flyktinglägret i staden, uppgav stadens borgmästare Nidal al-Obeidi på måndagen. De ska ha sökt skydd hos släktingar och i skyddsrum.
Enligt invånare finns varken vatten eller elektricitet i lägret och på tisdagen höll många butiker stängda och mycket få människor syns ute på gatorna.