Skottlossning och explosioner har skakat både Jenins stadskärna och det stora flyktinglägret sedan den storskaliga israeliska räden inleddes natten mot måndag.
Hundratals israeliska soldater befann sig fortfarande i Jenin på måndagskvällen, mer än 20 timmar efter det att operation inletts, skriver BBC.
Minst nio palestinier har dödats och tjugo skadats allvarligt, enligt det palestinska hälsodepartementet.
Lämnar flyktinglägret
Runt 3 000 palestinier har lämnat flyktinglägret under det senaste dygnet, enligt den biträdande guvernören Kamal Abu al-Roub. Runt 18 000 människor finns fortfarande kvar i lägret.
Juliette Touma, talesperson för FN:s organ för hjälp till palestinska flyktingar, UNRWA, bekräftar för AFP att invånare i lägret lämnar sina hem. Många av invånarna är i akut behov av mat, dricksvatten och mjölkpulver.
Syftet med räden är att stoppa terrorister som vill förgöra Israel, sade Israels premiärminister Benjamin Netanyahu på måndagen. Insatsen ska pågå så länge som behövs, tillade han. Omkring 2 000 soldater har deltagit, enligt den israeliska militären.
Våldet har eskalerat
Det palestinska utrikesdepartementet kallar upptrappningen för "ett öppet krig mot folket". Under kvällen meddelade den palestinske ledaren Mahmud Abbas kansli att han avbryter alla kontakter och allt säkerhetssamarbete med Israel.
Arabförbundet har kallat till ett extrainsatt möte under tisdagen för att "diskutera en arabisk mobilisering för att möta Israels attack mot Jenin", heter det i ett uttalande.
De senaste veckorna har våldet eskalerat på Västbanken. FN:s säkerhetsråd har uppmanat både Israel och Palestina att undvika handlingar som kan öka spänningarna.
Rättad: Israels premiärminister fick i en tidigare version av texten fel titel.