Israel har i flera år hävdat att terrorstämplade Hamas har en ledningscentral där, vilket både Hamas och personal på sjukhuset förnekar.
"IDF-styrkor avslöjade en 55 meter lång terrortunnel 10 meter djupt under Shifasjukhusets komplex", säger militären i ett uttalande.
Tidigare i veckan gick Israels militär in i sjukhuset al-Shifa. De bilder och filmer som militären har visat upp och hävdar är bevis för en Hamas-ledningscentral på sjukhusområdet har inte verifierats av någon utomstående part.
I lördags rapporterades att människor börjat lämna al-Shifasjukhuset, och på söndagen bekräftade Världshälsoorganisationen (WHO) att 31 "mycket sjuka bebisar" evakuerats därifrån.