Kulturarvsminister Amihai Eliyahu sade i en radiointervju att han inte var helt nöjd med Israels svar efter Hamas massaker i Israel den 7 oktober, då 1 400 israeler, varav absoluta merparten var civila, dödades och omkring 240 personer togs som gisslan.
På frågan om Eliyahu, som tillhör det ultranationalistiska partiet Judisk makt, förespråkade användningen av "någon form av atombomb" på Gazaremsan för att "döda alla" svarade han: "Det är ett alternativ".
Premiärminister Benjamin Netanyahus stab gick snabbt ut med ett uttalande där de beskrev kommentaren som "skild från verkligheten", och sade att Israel försöker skona civila i Gaza. På söndagen meddelades att Eliyahu stängs av tills vidare.
Efter kritiken har Amihai Eliyahu sagt att hans uttalande om atombomben endast var "metaforiskt".
Israel har aldrig offentligt medgett att de har kärnvapen.