Antalet fångar som hålls i så kallat administrativt förvar är det högsta sedan 2016.
Palestinier och mänskliga rättighetsgrupper anser att systemet missbrukas och att de frihetsberövade förnekas en rättslig process.
Israel säger sig utnyttja frihetsberövandet för att förhindra terrorattacker samt att hålla militanta personer fångna. Känslig information som rör frihetsberövandet offentliggörs inte.
"Administrativt förvar används endast när säkerhetsstyrkor har trovärdig och välgrundad information om verkliga säkerhetshot från den frihetsberövade, och när andra möjligheter att stoppa hotet inte är tillgängliga", skriver Israels armé i ett uttalande sedan Hamokeds uppgifter offentliggjorts.
Enligt organisationens genomgång avtjänar dessutom drygt 2 440 palestinier fängelsestraff. Närmare 1 480 personer hålls för närvarande för förhör, har åtalats eller genomgår domstolsförhandlingar.