Raketerna avfyrades under natten mot torsdagen, sedan israeliska soldater genomfört ett tillslag på den ockuperade Västbanken på onsdagen, som ledde till skottväxling där minst elva palestinier dödades. Enligt AFP skadades 80 personer i räden.
Flyglarmet gick i delar av landet till följd av raketerna. Den israeliska militären uppger att fem av sex raketer skjutits ned. Den sista raketen landade på ett fält, och det finns inga uppgifter om skador.
Slog till mot vapenfabrik
Enligt AP svarade Israel med flyganfall mot mål på Gazaremsan tidigt på morgonen. Målen uppgavs ha varit bland annat en vapenfabrik och en militär anläggning som tillhör islamistiska Hamas. Det finns inga rapporter om skadade.
Bland dödsoffren för onsdagens israeliska räd i Nablus finns en 16-årig pojke och två äldre män, 72 samt 66 år gamla, enligt hälsomyndigheterna. 66-åringen dog efter att ha andats in tårgas.
Det israeliska tillslaget var ämnat mot misstänkta militanta grupperingar.
FN-sändebud till Gaza
Händelsen i Nablus var en av de mest våldsamma på nästan ett år på Västbanken och östra Jerusalem. Israelisk polis befarar hämndaktioner och har höjt beredskapen.
– Vår policy är tydlig: att slå tillbaka kraftfullt mot terrorism, sade Israels premiärminister Benjamin Netanyahu vid ett möte med regeringen.
Såväl FN som USA har uttryckt farhågor om det allt mer upptrappade läget och manat till lugn. FN:s sändebud i Mellanösternkonflikten, norrmannen Tor Wennesland, begav sig under torsdagen till Gaza, för att själv skapa sig en överblick av läget, enligt FN.
Palestinska butiker i ockuperade östra Jerusalem höll stängt under torsdagen sedan en generalstrejk utlysts i protest mot våldet.
Uppgifter om nya bosättningar
Enligt obekräftade uppgifter har Israels nya högerregering under torsdagen fattat beslut om att utvidga de bosättningar på Västbanken som omvärlden beskriver som olagliga, skriver nyhetsbyrån AP och den israeliska tidningen Haaretz.
Såväl regeringsvänliga grupper som oppositionella uppger att det rör sig om mellan 7 100 och 7 300 hem på ockuperad mark.
Uppgifterna kommer bara dagar efter att premiärminister Benjamin Netanyahus kansli uppgett att Israel har "meddelat USA att landet de närmaste månaderna inte kommer att auktorisera nya bosättningar utöver de nio som redan har godkänts".
Den israeliska organisationen Peace Now, som följer utvecklingen i regionen, uppger att den var närvarande på mötet där beslutet fattades. "Israels regering spottar USA i ansiktet", skriver organisationen i en kommentar.
Shlomo Neeman, ordförande för en bosättning på Västbanken säger å sin sida att beslutet är "en utomordentlig boost" för bosättarna.