Israel uppger att mannen sköts sedan de israeliska styrkorna blivit beskjutna och angripits med sprängämnen av palestinier i flyktinglägret i staden.
Under natten till onsdagen greps tolv palestinier i samband med flera räder på Västbanken, enligt Israel.
Israeliska säkerhetsstyrkor har under de senaste veckorna intensifierat sina operationer på Västbanken efter flera palestinska terrordåd i Israel.
Den palestinska Västbanken ockuperas av Israel sedan sexdagarskriget 1967.