Soldaterna gick tidigt på tisdagen in i flyktinglägret Aqabat i vad som beskrivs som en antiterrorinsats.
Ytterligare två män skottskadades, enligt de palestinska myndigheterna.
Israels armé säger i ett uttalande till AFP att soldaterna skulle gripa efterlysta misstänkta brottslingar. Enligt uttalandet attackerades soldaterna med stenar och brandbomber i samband med insatsen.
Soldaterna besvarade angreppet med bland annat "skarp ammunition", enligt uttalandet. Inga israeliska soldater skadades.
Händelsen sker efter en tids oro i regionen, med raketbeskjutningar från palestinska områden och luftvärnsangrepp från Israels militär. Sammandrabbningar har också skett på Tempelberget i Jerusalem i samband med högtidlighållandet av ramadan och den judiska påsken pesach.
Sedan slutet av mars har 14 personer dödats i attacker utförda av palestinier eller israeliska araber. Under samma period har 25 palestinier dödats av israeliska säkerhetsstyrkor.