Den palestinska vården beskriver männen som 26 respektive 27 år gamla. Enligt den israeliska militären var den ene av dem en framstående medlem av gruppen Islamiska jihad, och den andre sägs ha varit inblandad i skottlossning mot israeliska militärer.
Islamiska jihad uppger att bägge män var medlemmar.
Den israeliska sidan gör gällande att soldater genomförde en räd för att gripa personer, varpå det öppnades eld mot dem som också besvarades.
Spänningarna på Västbanken har varit stora de senaste månaderna. Dödliga palestinska dåd mot israeler, där 19 personer dödats, har följts av israeliska militära räder på Västbanken. Åtminstone 125 palestinier har dödats.
Tidigare i veckan dödades fem palestinier i skilda händelser inom loppet av ett dygn på Västbanken. En av dem hade kört på och skadat en israelisk soldat med bil.