Enligt militären var mannen beväpnad med knivar och sprängämnen när han var på väg in i bosättningen.
Händelsen ägde rum på morgonen dagen efter att en beväpnad palestinsk man sköt och skadade flera israeler i staden Tel Aviv.
Mannen tog sig, enligt den israeliska militären, in i en bondgård belägen invid bosättningen. Där sköts han ihjäl av en bosättare.
Senare under dagen sköts en palestinsk 16-åring i norra Västbanken till döds av militären.
Enligt ett uttalande från militären kastade tonåringen "en bensinbomb mot soldater från nära håll" och soldaterna "svarade med att öppna eld".
Inledningen av 2023 har varit blodig på Västbanken. Tidigare i veckan dödades minst sex palestinier i en israelisk räd mot ett flyktingläger i Jenin.
Sedan årets start har över 70 palestinier dödats. Samtidigt har 14 personer dödats i palestinska attacker mot israeler. För en av de tre som skadades i torsdagens skjutning i Tel Aviv är tillståndet kritiskt, enligt sjukvården.