Attackerna uppges ha skett efter att man fått två telefonsamtal från den israeliska militären om att utrymma sjukhuset, som är fullt av människor.
"Sedan i morse har det varit räder 50 meter från sjukhuset", skrev organisationen tidigare under söndagen.
I en video som organisationen publicerat på X efter attackerna syns rum täckta av bråte, damm och urblåsta fönster. Människor håller för sina näsor och munnar och försöker i panik lämna sjukhuset med sina barn.
Sjukhuset uppger att det är omöjligt att utrymma eftersom det bland patienterna finns de som exempelvis vårdas på intensivavdelningen och barn i kuvöser. Även Världshälsoorganisationens (WHO) generalsekreterare Tedros Adhanom Ghebreyesus skrev tidigare på X att det är omöjligt att tömma sjukhuset eftersom det kan äventyra patienternas liv.
Slog ut vägar
Under söndagsmorgonen utförde Israel även attacker nära Gazas största sjukhus Shifa.
Israel hävdar att terrorstämplade Hamas har placerat en ledningscentral under sjukhuset, utan att lägga fram särskilt många bevis.
Bombanfallet slog ut majoriteten av vägarna till sjukhuset i staden Gaza, där tiotusentals människor har sökt skydd undan Israels intensiva attacker. Sjukhuset är överfullt av patienter som skadats i de israeliska attackerna.
Anfallet kom efter det att Israels försvarsminister Yoav Gallant på lördagen meddelat att man "gått in i nästa fas i kriget".
Under natten till söndagen har antalet israeliska soldater som strider inne i Gazaremsan ökat, enligt den israeliska militärens talesperson Daniel Hagari.
Tidigare har markstyrkor gjort snabba, nattliga räder in i Gaza innan de återvänt till Israel. Nu stannar markstyrkorna kvar i Gaza.
Israel: Lämna norra Gaza
Det var tidigt på söndagen som Israel återigen uppmanade civila i norra Gaza att evakuera söderut.
– Civila i norra Gaza, i Gaza stad, bör tillfälligt röra sig söder om Wadi Gaza till ett säkrare område, säger Daniel Hagari, talesperson för Israels militär, i ett videoklipp som publicerades på X på söndagsmorgonen.
Han uppgav också att "humanitära insatser under ledning av Egypten och USA kommer att utökas" under början av nästa vecka, utan att ge några ytterligare detaljer.
Enligt Israel har majoriteten av invånarna hörsammat ordern om att fly söderut. Hundratusentals människor befinner sig dock fortfarande i norra Gaza, delvis eftersom Israel också bombat mål i så kallade "säkra områden".
Enligt de senaste siffrorna från det Hamaskontrollerade hälsovårdsdepartementet i Gaza har över 8 000 människor dödats i området under de dryga tre veckor som gått sedan krigsutbrottet. Många av de döda uppges vara barn.
Internet börjar fungera
De senaste dagarnas upptrappning har följts av störningar vad gäller internet och mobil- och telenät, som bitvis varit mer eller mindre helt utslagna i Gaza.
På söndagen verkar uppkopplingen mot internet vara på väg att återställas i området, enligt Londonbaserade Netblocks, som övervakar internetfriheten i världen.
I Hamas terrorattack i södra Israel den 7 oktober, som blev starten på kriget, dödades omkring 1 400 människor enligt den israeliska regeringen. De flesta var civila.