Israels militär bekräftade gripandet av Mohammad Abu Salmiya under torsdag eftermiddag och säger att han frihetsberövats för att höras gällande "omfattande" inblandning i Hamas aktiviteter på sjukhuset.
Israel har i flera år hävdat att terrorstämplade Hamas har en ledningscentral under sjukhuset, vilket både Hamas och personal på sjukhuset förnekar.
Gazas hälsominister uppmanade å sin sida internationella aktörer att ingripa och säger att man inte längre skulle samarbeta med världshälsoorganisationen WHO i evakueringar av sjukhus.
Israeliska styrkor har visat upp tunnlar under sjukhuset och omfattande tunnelnätverk i andra delar av Gaza. Den misstänkta ledningscentral som Israel har motiverat sina anfall och räder med har ännu inte förevisats.
Al-Shifa-sjukhuset har varit det största, mest avancerade och bäst utrustade sjukhuset i Gaza. Förra veckan tog sig israeliska soldater in och började söka igenom byggnaderna. WHO har beskrivit sjukhuset som "en dödszon".