De två har "allvarliga skador" enligt en talesperson för israelisk polis.
Skjutningen inträffade timmar efter det att två palestinier skjutits till döds vid en sammandrabbning med israeliska soldater i ett flyktingläger i norra Västbanken. Enligt palestinska myndighetspersoner hade de israeliska soldaterna omringat ett hus i flyktinglägret Jenin tidigt på lördagsmorgonen för en insats. Israel misstänkte att representanter för militanta grupper fans i huset. Elva personer skadades, varav tre allvarligt, i räden.
Israelisk polis uppger att man söker en misstänkt som flytt från kontrollstationen i Jerusalem. Men uppgifterna går isär ifall det rör sig om en eller flera gärningsmän.