I samband med nattens protester greps 174 personer, bland dem 65 som kommer att utredas, meddelar polisen.
Demonstrationen inleddes sent på onsdagen i den invandrartäta stadsdelen Neukölln. Enligt tidningen Bild ska inlägg på Telegram ha manat till att "göra Neukölln till Gaza. Bränn allt".
När polisen beordrade de samlade att skingra sig sattes "soptunnor och hinder på gatorna" och "stenar och fyrverkerier kastades", vilket ledde till att polisen använde vattenkanoner.
Sedan Israel inledde sina bombräder i Gaza som ett svar på terrorstämplade Hamas omfattande och blodiga attack på Israel den 7 oktober har propalestinska protester brutit ut i flera tyska städer, precis som i andra länder. Antalet antisemitiska attacker har också ökat. Bland annat utsattes en synagoga i Berlin för en brandbombsattack på onsdagen.
Under torsdagen har förbundskansler Olaf Scholz uppmanat myndigheter att hindra demonstrationer som kan urarta till antisemitisk hets. Folksamlingar där "antisemitiska slagord ropas, där andra människors död glorifieras" måste förbjudas, sade Scholz.