Händelsen ska ha inträffat i flyktinglägret Jenin. Den döde uppges vara bror till Zakaria al-Zubaidi, som leder Fatahrörelsens väpnade gren.
Den israeliska militären säger i ett uttalande att soldaterna öppnade eld efter att beväpnade personer skjutit mot dem från ett passerande fordon. Enligt militären kastade de misstänkta även sprängämnen mot soldaterna.
Förra veckan skadades 13 palestinier i en annan israelisk insats i lägret.