Israels armé bekräftar händelsen. Enligt armén var palestiniern en av tre misstänkta som kastade brandbomber mot passerande bilar med risk för förarnas liv.
Flera fordon i området har blivit attackerade den senaste månaden.
"Trupperna opererade för att stoppa dem och sköt mot en misstänkt som kastade en Molotovcoctail mot passerande bilar. Den misstänkte träffades", står det i ett uttalande från armén.
Den träffade gavs första-hjälpen, men hans liv gick inte att rädda, enligt armén.