Räden mot Jenin på den ockuperade Västbanken genomfördes bland annat med hjälp av drönare. Den beskrivs som den största i sitt slag på flera år.
Minst åtta palestinier har dödats och tio har skadats allvarligt under måndagens israeliska räd, uppger det palestinska hälsodepartementet.
Sent på kvällen meddelar Jenins biträdande guvernör Kamal Abu al-Roub att 3 000 invånare i flyktinglägret har lämnat sina hem, och att förberedelser pågår för att inhysa dem i skolor och andra byggnader i staden Jenin. Runt 18 000 människor finns fortfarande kvar i lägret.
Juliette Touma, talesperson för FN:s organ för hjälp till palestinska flyktingar, UNRWA, bekräftar för AFP att invånare i lägret lämnar sina hem. Många av invånarna är i akut behov av mat, dricksvatten och mjölkpulver.
Tidigare under kvällen meddelade den palestinske presidenten Mahmud Abbas kansli att han avbryter alla kontakter och allt säkerhetssamarbete med Israel.
Beslutet togs sedan Abbas haft ett möte med andra ledare inom Palestinska myndigheten, skriver Jerusalem Post.
"Fristad för terrorister"
Israels president Benjamin Netanyahu säger i samband med ett tal på den amerikanska ambassaden att syftet med insatsen är att stoppa terrorister som vill förinta Israel. Insatsen ska pågå så länge som behövs, tillägger han, enligt Jerusalem Post.
– Under de senaste månaderna har Jenin blivit en fristad för terrorister, hävdar Netanyahu.
Skottlossning och explosioner har skakat både Jenins stadskärna och det stora flyktinglägret. Palestinier har kastat sten mot israeliska soldater och röken från brinnande barrikader har förmörkat himlen, enligt AFP:s reporter på plats.
– Det kommer bomber från luften och en invasion på marken, säger Mahmoud al-Saadi vid palestinska Röda Halvmånen.
Han uppger att flera byggnader och platser har bombats.
Vapengömma i moské
En eldstrid ägde rum vid en moské i Jenins flyktingläger. Senare beslagtogs vapen och sprängämnen som hittats gömda i tunnlar under moskén, enligt Israels armé.
Richard Hecht, talesperson för militären, säger att runt 2 000 soldater deltagit i insatsen och att drönarna har använts för att bana väg för markstyrkorna.
Enligt Hecht var många medvetna om att militären skulle göra en räd, men att man överraskats av att tillslaget även kom från luften.
Kan pågå i dagar
Israels försvarsminister Yoav Gallant säger att insatsen fortskrider enligt planerna, men ger ingen indikation om när den kan avslutas. Den kan komma att pågå i flera dagar, säger militärens talesperson Richard Hecht till BBC:
– Vi är mitt uppe i operationen. Vi är inte där för att inta mark eller stanna där, vi är fokuserade på specifika mål inne i lägret. Så det kan ta timmar eller kanske en dag eller två.
Arabförbundet har kallat till ett extrainsatt möte under tisdagen för att "diskutera en arabisk mobilisering för att möta Israels attack mot Jenin", heter det i ett uttalande.
De senaste veckorna har våldet eskalerat på Västbanken. FN:s säkerhetsråd har uppmanat både Israel och Palestina att undvika handlingar som kan öka spänningarna.