Utöver bebisarna har sex vårdarbetare och tio familjemedlemmar till personal evakuerats, skriver WHO-chefen Tedros Adhanom Ghebreyesus på X.
Enligt Tedros ledde WHO en andra insats med FN och Palestinska Röda halvmånen till sjukhuset under söndagen.
"Ytterligare insatser planeras för att brådskande transportera kvarvarande patienter och vårdpersonal ut ur al-Shifasjukhuset, beroende på om parterna i konflikten garanterar säker passage", skriver han.
Evakueringen följer på ett besök av bland andra WHO på sjukhuset i lördags. I ett uttalande skriver WHO att man tillsammans med andra hjälporganisationer och säkerhetspersonal varit inne på al-Shifa. Under den timme som läget medgav att organisationerna vistades i sjukhuset bevittnade de en "desperat" situation i vad de beskriver som "en dödszon".
De såg tydliga tecken på granateld och skottlossning. De såg också en massgrav vid ingången till sjukhuset och fick information om att 80 personer låg begravda där.
Avfall och sopor
Organisationernas bedömning är att al-Shifa, tidigare det största, mest avancerade och bäst utrustade sjukhuset i Gaza, inte längre kan fungera som vårdinrättning. I uttalandet beskriver de att medicinskt avfall och sopor ligger spritt på området och i korridorerna – en uppenbar hälsorisk som ökar risken för infektioner.
Vid besöket fanns 25 personer ur personalen och 291 patienter kvar på sjukhuset. Bland patienterna fanns 32 för tidigt födda bebisar vars tillstånd var kritiskt, två personer som intensivvårdades utan hjälpmedel för andning och 22 dialyspatienter som inte hade fullgod tillgång till den behandling de behöver för att överleva.
Merparten av patienterna vårdas för skador orsakade av kriget, enligt WHO. Där finns personer med svåra skallskador, komplicerade frakturer, brännskador samt patienter som har amputerats. Flera har infekterade sår.
Snar evakuering?
WHO och partnerorganisationerna inledde efter besöket arbetet med att ta fram en plan för omedelbar evakuering av sjukhuset.
Inom de närmaste tre dagarna ska de försöka hjälpa till med "brådskande transporter" av patienter till främst Nassersjukhuset och Europeiska sjukhuset i södra Gaza. Dessa är dock redan hårt ansträngda, både vad gäller personal och resurser.
25 av Gazas sjukhus är helt ur funktion på grund av bränslebrist och andra problem och resterande elva är endast delvis i bruk, enligt WHO.
Sjukhuset al-Shifa har stått i fokus sedan kriget mellan terrorstämplade Hamas och Israel inleddes i början av oktober, då Hamas anföll Israel. Israel hävdar att Hamas har en ledningscentral i eller under sjukhuset, att det används för militära syften. I veckan tog sig israeliska soldater in i sjukhuset och började söka igenom byggnaderna.
"Extremt lidande"
I lördags lämnade patienter, personal och andra sjukhuset till fots sedan en evakueringsorder spritts. Kvar stannade enbart de patienter som var för sköra för att flyttas samt några läkare och sköterskor.
WHO uppmanar till omedelbart eldupphör och införsel av humanitärt bistånd till Gaza. Man vädjar också om att hjälporganisationer ska få tillgång till området för att kunna undsätta nödställda.
Organisationen uppmanar även Hamas att omedelbart och utan villkor släppa den gisslan man håller.
"Gazabornas extrema lidande kräver att vi omedelbart och konkret agerar med humanitet och medmänsklighet", skriver WHO.
