Borgmästaren César Valencia sköts till döds när han färdades i en av stadsförvaltningens bilar i närheten av en idrottsplats, enligt militär personal som beordrades till platsen. Valencia träffades av minst två skott, ett i nacken och ett i bröstet.
Delstatsguvernören Alfredo Ramírez Bedolla fördömer mordet i ett inlägg på Twitter.
Aguililla är den ort där ledaren för Jalisco-kartellen, Nemesio Oseguera Cervantes – också kallad El Mencho – föddes. En belöning på 10 miljoner dollar utlovas för uppgifter som leder till hans gripande.
Delstaten Michoacán, där Aguililla ligger, har drabbats hårt av ett krig mellan två rivaliserande narkotikakarteller. På en annan plats i regionen dödades flera människor i sammandrabbningar mellan misstänkta gängmedlemmar på torsdagen, uppger åklagare.