Personal gjorde upptäckten när de såg en fot sticka ut från vagnen.
Tre var honduraner, en mexikan och en är oidentifierad, enligt Mexikos migrationsinstitut.
Antagligen avled migranterna av uttorkning och värmeslag i godståget, som var på väg från USA till Mexiko. Myndigheterna misstänker att de hoppat på tåget i fel riktning i jakt på ett bättre liv i USA.